当臨海実験所は、名古屋帝国大学医学部附属施設として、名古屋帝国大学発足と同年に当たる1939年12月14日に創設され、1942年４月に理工学部から理学部が独立した際に理学部附属となった。
1971年に改築が行われ、1996年には実習棟も新たに建設され現在に至る。
設置場所として菅島が選ばれたのは、生物相が非常に豊富なことが主な理由である。2013年度に教育関係共同利用拠点「先端マリンバイオロジー教育共同利用拠点」として文科省に認定され、現在まで更新されている。
学内外の多くの研究者・学生が利用している。フロンティア（4.6 t, 定員13名）、スピンドル（2.4 t, 定員10名）、パンニャー（0.7 t, 定員に6名）の３隻の船を有する。
質量分析計、共焦点顕微鏡をはじめとする各種顕微鏡など多くの研究機器を保有しており、生化学・分類学・細胞生物学研究を行う環境が整っている。名大理学部生命理学科の臨海実習に加えて他大学の臨海実習や公開臨海実習、英語で実施される国際臨海実習など幅広い教育活動が行われている。
創設当時からウニやホヤを用いた受精・発生研究が行われてきたが、現在は、複数の研究チームが連携しながらマクロ生物から有機化学まで様々な視点から海洋生物学の研究を推進している。
〒517‒0004 三重県鳥羽市菅島町４２９−６３
E‒mail: ggoshima@gmail.com
HP：http://www.bio.nagoya‒u.ac.jp/∼SugashimaMBL