1933年（昭和8年）、東京文理科大学附属臨海実験所として発足した。
1949年（昭和24年）、東京教育大学理学部附属臨海実験所と改称され、1976年（昭和51年）、筑波大学創設に伴い筑波大学下田臨海実験センターと改められ、学内教育研究施設として位置づけられた。
2010年（平成22年）には全国教育研究施設に改組した。
年間、延べ8000人近い研究者、学生が利用する。敷地内には研究棟３棟、生物飼育施設、実習棟、海洋観測棟、宿泊棟（85名収容）を有し、研究調査船つくばII（19トン, 40人）をはじめ、４隻の船舶を有する。
これまでカブトガニの系統学的研究、群体ボヤの自己非自己認識に関する研究、海産藻類に関する生理生態学的研究などが行われ、現在はホヤ・ウニ等の海産無脊椎動物を用いた細胞生物学、発生生物学、進化生物学、および海洋生態学、海洋環境生物学に関する研究が行われている。2016年には伊豆七島式根島に海洋酸性化のための研究ステーションを設置した。
筑波大学下田臨海実験センター
〒415-0025 静岡県下田市５－１０－１ E-mail: jambio@shimoda.tsukuba.ac.jp HP: http://www.shimoda.tsukuba.ac.jp