運営協議会委員（2009-2010）
| 機構長：稲葉一男（筑波大学） 副機構長：赤坂甲治（東京大学） |
| 運営委員：岡 良隆（東京大学）・和田 洋（筑波大学）・相澤慎一（理化学研究所）・佐藤矩行（沖縄科学技術研究基盤整備機構）・星 元紀（放送大学学園）・野崎眞澄（新潟大学） |
運営協議会委員（2011-2012）
| 機構長：稲葉一男（筑波大学） 副機構長：赤坂甲治（東京大学） |
| 運営委員：岡 良隆（東京大学）・和田 洋（筑波大学）・相澤慎一（理化学研究所）・星 元紀（放送大学学園）・野崎眞澄（新潟大学）・長濱嘉孝（愛媛大学） |
運営協議会委員（2013-2014）
| 機構長：稲葉一男（筑波大学） 副機構長：岡 良隆（東京大学） |
| 運営委員：赤坂甲治（東京大学）・和田 洋（筑波大学）・相澤慎一（理化学研究所）・阿形清和（京都大学）・西田 睦（琉球大学）・野崎眞澄（新潟大学） |
運営協議会委員（2015-2016）
| 機構長：稲葉一男（筑波大学） 副機構長：岡 良隆（東京大学） |
| 運営委員：赤坂甲治（東京大学）・和田 洋（筑波大学）・西田 睦（琉球大学）・沼田英治（京都大学）・坂本竜哉（岡山大学）・安東宏徳（新潟大学）※任期：2015年度・上野直人（基礎生物学研究所）※任期：2016年度 |
JAMBIO再編ワーキンググループ委員（2017）
| 吉崎悟朗（東京海洋大学）・菊池 潔（東京大学）・一見和彦（香川大学）・坂本竜哉（岡山大学）・吉田真明（島根大学）・稲葉一男（筑波大学） |
運営協議会委員（2018-2020）
| 機構長：稲葉一男（筑波大学） 副機構長：須之部友基（東京海洋大学） |
| 運営委員：岡 良隆（東京大学）・吉国通庸（九州大学）・一見和彦（香川大学）・坂本竜哉（岡山大学） |
| 会計監査委員：鳥山 優（静岡大学） |
運営協議会委員（2021-2022）
| 機構長：稲葉一男（筑波大学） 副機構長：須之部友基（東京海洋大学） |
| 運営委員：安東宏徳（新潟大学）・三浦 徹（東京大学）・一見和彦（香川大学）・坂本竜哉（岡山大学） |
| 会計監査委員：笹浪知宏（静岡大学） |